Op dit moment voldoet geen enkel oppervlaktewater in Noord-Holland aan de Europese waterkwaliteitseisen. Belangrijkste oorzaken zijn te hoge concentraties chemische stoffen, en voedingsstoffen als stikstof en fosfor. Gedeputeerde Staten onderzoeken daarom de mogelijkheid om gebruik van bestrijdingsmiddelen en kunstmest te beperken. De maatregel is met name bedoeld voor Natura 2000-gebieden en wingebieden voor drinkwater.
Die verontreinigingen worden veroorzaakt door de industrie, landbouw en het verkeer. In delen van de provincie komt bovendien al veel stikstof en fosfor voor in de oudere veen- en kleibodems. Wat ook een negatieve invloed heeft op de waterkwaliteit is een onnatuurlijke inrichting van de oevers, klimaatverandering en de aanwezigheid van invasieve exoten, zoals de rivierkreeft.