De uitspraak van de Raad van State over de uitstoot van stikstof heeft gevolgen niet alleen voor grote bouwprojecten als een niewbouwwijk, maar ook voor kleine als een nieuwe dakkapel. Er mag geen nadelig effect zijn voor Natura 2000-gebieden bij de bouw of het gebruik van het object. In Alkmaar, Heerhugowaard en Langedijk geldt dat rekening moet worden gehouden met de Eilandspolder in gemeente Alkmaar en de Schoorlse Duinen.
Voor vergunningen en bestemmingsplannen die inmiddels onherroepelijk zijn heeft de uitspraak geen gevolgen. Voor aanvragen die afwijken van een bestemmingsplan en nieuwe projecten moet met de AERIUS calculator worden aangetoond dat de bouw en het gebruik geen extra stikstofuitstoot oplevert voor de Natura 2000-gebieden. Als er geen sprake is van uitstoot (0,00 mol = moleculaire massa) kan de vergunning worden verleend. Is dat wel zo, dan kan de gemeente advies geven.
